Program Studi Pendidikan Ekonomi diselenggarakan pertama kalinya pada tahun 1982 saat Fakultas Keguruan dan Fakultas Ilmu Pendidikan diintegrasi kembali menjadi satu fakultas yaitu Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) berdasarkan Keputusan Presiden RI Nomor 73 Tahun 1982 Tentang Susunan Organisasi Universitas Pattimura dan kemudian di selenggarakan dengan izin operasional yang perpanjang dengan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Nomor: 116/DIKTI/Kep/2007.

Tujuan program studi Pendidikan Ekonomi adalah untuk memenuhi kebutuhan guru pada level menengah (SMP dan SMU) maupun untuk memenuhi ketersediaan tenaga kerja pada berbagai lembaga; BUMN, industri dan perusahaan.

Saat ini Program Studi Pendidikan Ekonomi terdiri dari 3 konsentarsi yakni Pendidikan Ekonomi, Pendidikan Akunstansi, dan Manajemen Pariwisata. Prodi Ekonomi berakredistasi B, dan  di pimpin oleh Kaprodi Theodora Florece Tomasoa, S.Pd., M.Si. Program Studi Pendidikan ekonomi memiliki tenaga pendidik (Dosen) sebanayak 23 orang Dosen dengan kualifikasi ilmu yang dapat beragam sesuai dengan latarbelakang program Studi Pendidikan ekonomi dan memiliki satu tenaga operator.